Về sự tích Nữ Thần Ponagar, có một bản ghi chép bằng chữ Hán khắc ở trên bia dựng tại phía Bắc tháp Pô Nagar (Thiên Y A Na) do nhà thi sĩ Phan Thanh Giản, bấy giờ làm Ðại học sĩ bộ Lễ dưới triều Tự Ðức, đã viết vào năm 1857, dịch theo nguyên văn sau đây:

“Trong thiên hạ, những chỗ sầm uất lâu đời hay có những sự tích ly kỳ, người ta chép vào sử truyền lại vì thấy có ích cho nước, cho dân.

Xem như chuyện Lạc-già Quan Thế Âm và Lâm Thiện Hậu ở Việt Dương toàn là chuyện lạ thường nên vẫn được lưu sử; cũng như sự tích Liễu Hạnh công chúa giáng sinh ở Nam Ðịnh, những khi hiển ứng đều có ghi lại thành dã sử.

Miền Nam nước ta sống trong cảnh mưa thuận gió hòa, thuần phong mỹ tục. Phần đất của con cháu Hồng Lạc tuy đất hẹp dân ít, song lại là nơi dân cư được thần linh ủng hộ cho nên được no ấm đầy đủ và xem xứ mình như một cảnh Bồng Lai ở thế gian.

Cách trở với Trung Quốc, việc giao thông không thuận tiện nên cuộc bang giao khó khăn.

Vì không có sử sách để kê cứu, tôi không biết sự tích của Thiên Y Thánh mẫu cho tường tận, chính lúc đi qua Khánh Hòa, là nơi nguồn gốc của Thánh mẫu, được nghe các bậc bô lão kể lại và đã đọc dã sử, cũng chỉ biết được sơ lược mà thôi.

Người ta nói: “Bà Thiên Y giáng sinh ở núi Ðại An (cạnh núi Cù Huỳnh) thuộc làng Ðại An, tỉnh Khánh Hòa, mé ngoài có biển bao bọc, sơn thanh thủy tú, chính là nơi di cảnh của thần tiên. Nơi ấy có đôi vợ chồng già không có con, nhà ở dưới chân núi ngày ngày trồng dưa độ nhật. Dưa chín thì hay mất quả, hai vợ chồng lấy làm lạ, mới rình bắt được một nàng độ hơn mười tuổi hái trộm dưa chơi dưới trăng. Thấy nàng còn bé, vẻ mặt dễ thương, sống trong cảnh côi cút, hai vợ chồng mới thuận đem nàng về nuôi, thường vẫn nâng niu âu yếm chẳng khác gì con ruột.

Một ngày kia trời làm lụt, cảnh vật buồn tênh, nàng mới sực nhớ đến Tam Ðảo, một cảnh thần tiên cũ, liền hái hoa quả, chọn đá xây một hòn giả sơn để ngắm; ông già thấy vậy nổi giận mắng nàng. Trong khi đang hối hận buồn rầu, gặp lúc hồng thủy trôi nổi cây kỳ nam đến, nàng bèn biến thân vào khúc gỗ kia, mặc cho dòng nước cuốn ra biển rồi trôi dạt vào bờ Bắc Hải (Trung Quốc). Dân cư ở đó lấy, nhưng quá nặng không khiêng nổi. Lúc ấy có một vị Thái tử Trung Hoa, tuổi chừng hai mươi đang buồn rầu vì đã từng trèo non lặn suối mà chưa tìm được một ý trung nhân, nghe tin ấy liền lấy xe đi đến bờ bể, tự mình đỡ cây kỳ nam, đưa vào nội điện, thường hay vỗ về khi nhàn rỗi. Một đêm trăng, hương thơm ngào ngạt, Thái tử trông thấy bên cạnh cây kỳ nam một bóng người khi ẩn khi hiện. Thái tử lấy làm lạ đến gần thì bóng người kia lại biến đi. Một đêm kia trong khi thiên hạ đang say đắm giấc nồng, Thái tử lén ra đó chờ một hồi lâu, khi bóng mỹ nhân hiển hiện thì ông ta ồm choàng lấy ngay, không tránh được, nàng phải bày tỏ sự tình. Sáng hôm sau nửa mừng nửa lo, Thái tử vào tâu với Phụ hoàng, vua cha ngạc nhiên, truyền bói một quẻ, gặp quẻ đại cát, bèn cho thái tử kết hôn với nàng.

Hai vợ chồng thái tử ở với nhau đã lâu sinh hạ được một hoàng nam tên là Tri và một công chúa tên là Quý. Nhưng một ngày kai nàng nhớ quê cũ mới đem hai con đi, lại biến thân vào gỗ trầm, mặc cho dòng nước xuôi về Nam, đến chân núi Cù Huỳnh, tìm lại ngôi nhà xưa ở mé núi. Cảnh vật đổi dời, song thân đã khuất, từ thì Bà ở lại, sửa sang vườn tược, lập nhà thờ phụng cha mẹ. Dân trong vùng dại dột không biết tìm kế sinh nhai hay hại lẫn nhau, bà mới đặt ra lễ phép dạy dân làm ân, cách sinh dưỡng rồi sau khi cho chạm tượng của Bà để lại ở chóp núi, Bà cởi chim loan lên tiên giới một ban mai.

Bên Bắc triều, thấy người yêu đi không trở lại, Thái tử cho người chèo thuyền đi tìm. Khi gần tới nơi, thủy thủ tỏ vẻ hống hách, dọa nặt dân trong vùng, và không biết kính cẩn tượng thần Bà, nên bị trời phạt, thổi một trận cuồng phong đánh đắm thuyền ấy ở cửa biển Ðại An. Ngày nay nơi đó nổi lên một gò đá khắc chữ “khoa đẫu” (chữ Hời) xem khó hiểu, và từ hồi ấy trở đi, trên cù lao Yến thường có thần hiển linh, cứu nhân độ thế, cầu xin gì cũng được, nên dân trong vùng khắp xa gần đều thiết bàn thờ thờ phụng Ngài.

Trên núi Cù lao kia có một ngọn tháp cao sáu trượng thờ ngài Thiên Y, bên hữu một cái tháp nhỏ cao hai trượng thờ Thái Tử, đằng sau một nhà nhỏ thờ hai con Ngài, bên tả một nhà nhỏ thờ song thân. Trước mặt tháp có dựng một cái bia đá viết chữ Hời như ta thấy trên hòn đá án ngữ ngoài cửa biển. Trong vườn của Ngài, hoa quả vẫn tốt tươi, khách ngoạn cảnh có thể hái và tha hồ ăn tại chỗ. Hàng năm đến kỳ tế lễ, sơn thú và hải ngư về chầu ở cửa điện và người xưa thường kính cẩn gọi Ngài là Thiên Y A Na Ðiện Bà Chúa Ngọc Thanh Phi.

Triều vua Nguyễn đã phong Ngài chức “Hồng nhơn Phổ tế Linh ứng thượng đẳng thần”, chọn dân vùng Cù Lao làm thủ từ ở đền Ngài.

Có một điều mà tôi lấy làm lạ, nếu ngài là một Thiên nữ thời đến đây làm chi, toan sống trọn đời núi non lại bỗng dưng vượt biển Nam qua Bắc kết duyên âu yếm cùng Thái tử rồi lỗi hẹn trăm năm mà trở về núi cũ; đến sau cảnh còn, người mất, gió mây trôi nổi ra oai thần thánh; như vậy thì hành động bậc thần thánh không tự chủ nhất định được hay sao, thật tôi rất lấy làm lạ(33).”

Người ta còn kể lại rằng Thánh Mẫu có khi hiện ra trên lưng một con bạch tượng đi du ngoạn khắp các ngọn núi. Mỗi lần nữ thần du hành là người ta nghe rõ tiếng lệnh như tiếng thần công báo hiệu. Có khi nữ thần hiện ra thành một dải lụa ngà lượn khúc trên không trung, dưới bầu trời êm ả, hay cởi trên đầu một con đại-ngạc-ngư dạo chơi từ hòn cù lao đến các đảo lân cận.

Ðể thờ bà chúa Thiên Y A Na, tại Huế, có xây một ngôi đền gọi là điện Hòn Chén (Ngọc Trản) hay là Huệ Nam Ðiện ở phía lên nguồn sông Hương. Hàng năm vào đầu thu, người ta thường đến cúng lễ, lên đồng. Một thi sĩ ở thế kỷ XIX, Nguyễn Văn Trinh, có làm một bài thơ dài theo lối Chầu văn kể sự tích nữ thần còn được truyền tụng đến ngày nay, có đoạn sau đây:

Trong dân chúng, sự tích của Thiên Y A Na Thánh Mẫu thường khi lẫn lộn với Liễu Hạnh – Giáng Hương Thánh Mẫu, vị nữ thần của Nội đạo Việt Nam.